對於自查、稽查補稅的賬務處理，是視同以前的業務按照正常稅務規範進行，並增加本期的罰款和滯納金處理。
假設查補收入和稅金，（小企業會計準則可以計入當期損益），滯納金可以計入當期的營業外支出或以前年度損益調整，
確認銷售收入，
借：應收賬款，
貸：以前年度損益調整，
應交稅費—增值稅檢查調整，
結轉增值稅，
借：應交稅費—增值稅檢查調整，
貸：應交稅費—未交增值稅（查補稅款），
補提附加稅，
借：以前年度損益調整，
貸：應交稅費，
補提所得稅，
借：以前年度損益調整，
貸：應交稅費—應交所得稅，
結轉“以前年度損益調整”科目余額，
借：以前年度損益調整，
貸：利潤分配—未利潤分配，
調整利潤分配有關數字
借：利潤分配—未利潤分配，
貸：盈余公積—法定盈余公積。