《柬埔寨和平協定》4個文件中最重要的是《柬埔寨沖突全面政治解決協定》。該協定規定，從它生效之日起至舉行自由公正大選為過渡時期，在此期間全國最高委員會是柬埔寨唯壹合法的機構和權力來源，在整個過渡時期體現柬埔寨的國家主權、獨立和統壹；柬埔寨全國最高委員會對外代表柬埔寨，占據柬埔寨在聯合國及其專門機構和其他國際機構和國際會議的席位。
根據協定，聯合國在過渡時期有很大的權力。聯合國權力機構控制柬埔寨的外交、國防、財政、公安和宣傳等部門。
協定規定最後裁決權屬於全國最高委員會主席西哈努克，如果他提的建議符合和平協定的精神，那麽聯合國權力機構就應聽從。
協定要求任何仍在柬埔寨的外國武裝力量、顧問、軍事人員及其武器裝備應立即撤出柬埔寨，並且不得重返。聯合國權力機構將對此進行核查。外界應立即停止對柬埔寨所有各派提供軍事援助。柬各方應向聯合國提供有關部隊人數和裝備情況的報告。協定宣告，自本協定生效之日起，停火即告生效。
協定指出，在柬埔寨境外的柬埔寨難民和流離失所者有權返回柬埔寨，享受安全的有保障的生活，應設法保證他們免受任何形式的恐嚇或脅迫。
協定規定，柬埔寨人民有權通過自由公正大選產生的制憲會議決定自己的政治前途。