1.應進行必要的延伸審計。在實施減免稅審計過程中，需要參考稅務機關提供的資料，審核減免稅檔案和企業財務報表，必要時對重點企業進行延伸審計。
2.分清責任。在減免稅審核過程中，對發現的違紀問題，要分清稅務機關和企業各自的責任。稅務機關在減免稅方面的違紀問題主要是越權和違法減免稅，即雖在職權範圍內，但違反國家規定批準減免稅。
3.關註外企減免稅。為符合國際慣例，改善投資環境，防止國際避稅，維護我國經濟權益，應關註對外資企業的減免稅是否符合我國稅法的規定。
4.對稅務部門做出準確的評價。通過審計，要根據發現的問題分析存在的原因，提出有價值的建議。同時，也要正確評價稅務機關在支持企業廣開財源、促進經濟發展中發揮的重要作用。