利用保稅制度進行稅收籌劃，首先，納稅人應積極在保稅區投資辦廠，開展出口貿易的加工、運輸、轉口貿易等活動，因為在保稅區轉口的進口貨物通常免征進口關稅和進口環節稅，從而獲得免征進出口關稅的利益。其次，如果納稅人可以向海關申請將進口貨物作為保稅貨物，則在貨物在保稅區外銷售時繳納進口關稅。此時，納稅人可以占用從批準日到繳納稅款期間的稅款時間價值，也達到了籌劃目的。
此外，在保稅貨物進出口中，納稅人申報時要填寫報關單，包括單耗計量單位壹欄，這是稅收籌劃的突破。所謂單耗計量單位，即生產壹單位成品消耗多少單位原材料，通常有以下幾種形式:壹種是“計量單位/計量單位”，如米/米、噸/立方米等。；壹種是“計量單位/自然單位”，如噸/塊、米/套等。還有“自然單位/自然單位”，如件/套、件/件等。計量單位容易計量，自然單位難以具體計量，納稅人可以以“自然單位/自然單位”的形式進行納稅籌劃。