企業所得稅處理的三種情形：
1.總機構直屬的項目部跨區施工情形。
根據國稅函〔2010〕156號文件規定，自2010年1月1日起，要按項目實際經營收入的0.2%按月或按季度由總機構向項目所在地預分企業所得稅，並由項目部向所在地主管稅務機關預繳。總機構扣除已由項目部預繳的企業所得稅後，按照其余額就地繳納。
2.二級分支機構的異地施工情形。
屬於跨省經營的，根據國家稅務總局《關於印發〈跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發〔2008〕28號）規定，按照“統壹計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的辦法計算繳納企業所得稅；屬於在同壹省內經營的，該分支機構在向施工地稅務機關報驗登記後，其經營所得由總機構統壹計算繳納企業所得稅，分支機構在施工地不預繳企業所得稅。
3.分支機構直屬的項目部跨區施工情形。
建築企業跨地區在二級分支機構之下設立的項目經理部（包括與項目經理部性質相同的工程指揮部、合同段等），若以分支機構名義與建設方簽訂合同並組織施工，則其收入匯總計入該分支機構，適用國稅發〔2008〕28號文件的分級管理規定計算繳納企業所得稅。