這種情況，甲方結算應當按照發票上的價稅合計，也就是只能按照3%給妳結算稅金。附加稅費等屬於價內稅，也就是包含在甲方給妳支付的不含增值稅的金額中，如果妳向甲方要求支付這部分稅金，理論上甲方要給妳支付兩次稅金，所以甲方只能而且必須按照發票上的3%給妳支付增值稅。因為采取簡易征收按照3%征收增值稅，就是為了讓妳降低稅收成本，采取壹般計稅按照11%稅率才可以抵扣進項稅額的。如果妳認為不符合合同，妳必須不選擇采用簡易計稅方法，那樣妳就可以給對方開具11%稅率的發票，對方就可以給妳支付11%稅率的增值稅。但是，支付給妳的不含增值稅的金額中，仍然包括妳要繳納的附加稅費。
所以，甲方沒有問題，而是妳存在問題。如果甲方以妳沒有開具11%稅率發票、造成其不能抵扣11%的增值稅為理由說妳違反合同拒絕給妳付款，妳還真的得認真思考思考。
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