稽 查 局
指導、協調和管理全省地方稅務稽查工作；組織落實稅務稽查法律、法規、規章及規範性文件，擬訂具體實施辦法；監督檢查全省地方稅務系統征管對象執行地方稅收法規、政策及制度情況；查處稅務違法案件；牽頭組織全省地方稅收專項檢查工作；組織全省或地區性地方稅收專項整治工作；受理稅務違法案件的舉報，承擔案件的轉辦、查辦工作；協調公安、檢察、審判機關處理稅務稽查有關工作。
直屬稅務局
負責南京地區省屬企業及省政府指定的其他省屬企業地方稅、基金（費）的征收管理工作。
涉外稅務局
負責南京地區省屬涉外企業地方稅的征收管理工作。