工資薪金所得應該填3000元，如果私自按照社保繳納標準進行所謂“相應調整”，是不合理的。
社會保險繳費基數（即所謂“社保基數”）是計算用人單位及其職工繳納社保費和職工社會保險待遇的重要依據。社保基數有上限和下限之分，具體數額根據各地區實際情況而定。此問題中，“上海最低標準的社保，每月1247.7元，基數2599元”即社保基數的下限為2599元。而員工工資為3000元，略高於社保基數的下限，應如實填報為3000元。
擴展資料：
計算繳納社保時的工資薪金時，應該包括基本工資、加班工資、各種補助津貼、績效工資等等。
社會保險基數，簡稱社保基數，是指職工在壹個社保年度的社會保險繳費基數。它是按照職工上壹年度1月至12月的所有工資性收入所得的月平均額來進行確定。對於新員工，則按照第壹個月的工資為基數。
參考資料：
新華網-5月1日起我國將繼續階段性降低社會保險費率
搜狐網-在上海工作，公司僅按最低社保基數繳納社保，是否劃算
織夢財經-社保基數與工資總額的關系