1、培養方向不同
學術型碩士教育以培養教學和科研人才為主，授予學位的類型主要是學術型學位;專業型碩士是國家為了克服學術型碩士的不足新增的壹種新碩士，培養的是現在市場緊缺的應用型人才。
2、招生條件不同
學術型碩士則不需要報考者有壹定年限的工作經歷。國家09年新增的壹月份統考的全日制專業型碩士並不要求工作經驗，招生條件跟原來的學術型碩士壹樣，應屆生可以報考。
3、招生考試不同
學術型碩士的招生考試只有年初的“統考”，而統考以外的專業考試則由各招生單位自行命題、閱卷。
專業碩士的招生考試有10月份的“聯考”和年初的“統考”兩次機會，考生可以自行選擇，而這兩大國家級別的考試的專業考試，也由各招生單位自行命題、閱卷。GCT在職碩士是參加10月份的聯考，全日制專業碩士跟原來全日制學術型碩士考試時間壹樣，都是每年壹月份初試。