壹、培養模式不同：
主要以理論教學為主，學制壹般為三年。主要以案例式教學、研討式教學、強調團隊合作、註重培養創業型、職業化素質，學制壹般為兩年。
二、培養方式不同：
從2014年起，所有納入國家招生計劃的新入學研究生實行自費，同時輔以合理的獎助金。會計專業碩士主要以自費培養模式為主，設有部分獎學金。
三、課程設置不同：
會計學碩士更多偏重於基礎教育、素質教育和專業教育，偏重理論知識的掌握和學習，如財務理論、會計理論、審計理論、國際會計等會計相關知識。會計碩士更多偏重於實務，學習的目的是為了解決實際工作中的問題。
培養方向
專業型碩士培養應用型和工程研究型人才；學術型碩士是培養學術研究型人才。
全日制學術型碩士教育以培養教學和科研人才為主，授予學位的類型主要是學術型學位；全日制專業型碩士是克服學術型碩士的弱點，國家新增的培養特定高層次專門人才。
根據中國的有關規定，普通碩士教育以培養教學和科研人才為主，授予學位的類型主要是學術型學位；而專業碩士是具有職業背景的碩士學位，為培養特定職業高層次專門人才而設置。
學術碩士畢業後主要是去研究所搞研發工作，而專業碩士主要是進入企業發展，就業更靈活，發展空間更大。
以上內容參考：百度百科-專業型碩士