1、申報主體不同。扣繳義務人申報是由納稅人的雇主或支付收入的單位代為申報；綜合年度自行申報則是由納稅人自行向稅務機關申報。
2、申報內容不同。扣繳義務人申報通常涉及特定收入，並代為計算並扣繳稅款；綜合年度自行申報則包括納稅人壹年內的各項應稅收入，需自行計算應納稅額。
3、申報時間不同。扣繳義務人申報壹般在支付收入時或每月、每季度定期進行；綜合年度自行申報則在每年的規定時間內進行，通常是年度結束後的壹定期限內。
4、申報方式不同。扣繳義務人申報需要納稅人提供專項附加扣除信息，由扣繳義務人按月預扣預繳稅款；綜合年度自行申報則需要納稅人匯總全年收入並自行填報。
5、選擇哪種申報方式取決於納稅人的具體情況，例如是否有固定扣繳義務人、是否需要單位代扣代繳等。建議納稅人根據自己的實際情況選擇最合適的申報方式，以確保正確申報並享受稅收優惠。