《國家稅務總局關於行政機關代扣代繳個人所得稅問題的批復》(國〔2004〕1199號)明確規定了扣繳義務人代扣代繳稅款的法律責任:2006年5月1日以後 適用修訂後的《稅收征管法》和《國家稅務總局關於實施〈中華人民共和國稅收征收管理法〉及其細則若幹具體問題的通知》(國稅發〔2003〕47號)，由稅務機關責令扣繳義務人向納稅人追繳稅款，對扣繳義務人處未繳稅款50%以上3倍以下罰款。 該條還對應扣繳的稅款是否加收滯納金作出了如下規定:根據稅收征管法規定的原則，扣繳義務人應當扣除未扣繳的稅款，無論是修訂前還是修訂後適用的稅收征管法，都不得向納稅人或者扣繳義務人加收滯納金。