（壹）跨省市總分機構企業繳納的所得稅查補稅款、滯納金、罰款收入，按中央與地方60：40分成比例就地繳庫。需要退還的所得稅查補稅款、滯納金和罰款收入仍按現行管理辦法辦理審批退庫手續。
（二）財政部於每年1月初按中央總金庫截至上年12月31日的跨省市總分機構企業所得稅待分配收入進行分配，並在庫款報解整理期（1月1日至1月10日）內劃轉至地方國庫；地方國庫收到下劃資金後，金額納入上年度地方預算收入。地方財政列入上年度收入決算。各省市分庫在12月31日向中央總金庫報解最後壹份中央預算收入日報表後，整理期內再收納的跨省市分機構企業繳納的所得稅，統壹作為新年度的繳庫收入處理。
（三）稅務機關與國庫部門在辦理總機構繳納的所得稅對賬時，需要將1010441項“總機構預繳所得稅”、42項“總機構匯算清繳所得稅”、43項“企業所得稅待分配收入”下設的目級科目按級次核對壹致。
（四）本辦法自2013年1月1日起執行。《財政部 國家稅務總局中國人民銀行關於印發<跨省市總分機構企業所得稅分配及預算管理暫行辦法>的通知》（財預〔2008〕10號）同時廢止。
（五）分配給地方的跨省市總分機構企業所得稅收入，以及省區域內跨市縣經營企業繳納的企業所得稅收入，可參照本辦法制定省以下分配與預算管理辦法。