昆山地方稅務局現有在編幹部218人，其中，大專以上文化的占99%以上，本科以上文化的占75%。在機構設置上，市局機關內設8個科室，即辦公室、稅政法規科、規劃財務科、征管和科技發展科、數據管理科、人事教育科、監察室、機關黨總支；3個直屬機構，即稽查局、征收稅務分局（納稅服務局）、稅收風險評估分局；8個基層派出機構，即第壹、二、三、四、五、六、七、八稅務分局；2個事業單位，即耕地占用稅和契稅管理所和計算機中心。其中，數據管理科與稅收風險評估分局合署辦公，征收稅務分局（納稅服務局）與第壹稅務分局合署辦公。截至2010年底，轄管正常企業納稅人39418家、個體工商戶43204戶。目前，昆山地稅主要負責全市營業稅、個人所得稅、企業所得稅、土地增值稅等11種地方稅種以及教育費附加、地方教育附加、人民防空建設資金、綠化費等8種基金（費）的征收管理。