出口企業以“來料加工”貿易方式免稅進口原材料,零部件後，憑海關核簽的來料加工進口貨物報關單和來料加工登記手冊向主管其出口退稅的稅務機關辦理“來料加工免稅證明”，持此證明向主管其征稅的稅務機關申報辦理免征其加工或委托加工貨物及其工繳費的增值稅，消費稅。來料加工出口企業應在來料加工手冊到期後90天內，向稅務機關申請辦理來料加工貿易的稅務核銷。
具體操作步驟可參見《關於印發《來料加工貿易免稅管理辦法（試行）》的通知》滬國稅進[2006]29號；《國家稅務總局關於印發<出口貨物退（免）稅管理辦法>的通知》國稅發（1994）31號相關規定。
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