1.稽查局
負責組織、指導、協調和監督本系統的稅收檢查工作；負責對年度計劃確定的重點稅源企業和稅務違法案件的查處、審理、執行工作；組織貫徹稅務稽查規章制度，擬定具體實施辦法；負責稅收案件舉報的受理、轉辦；對下級稅收檢查情況進行復查復審；負責與公安、檢察、審判機關協調稅務稽查中的司法工作；負責金稅工程發票協查工作；負責牽頭組織稅收專項檢查工作。
蘭州市國家稅務局稽查局內設機構為副科級。內設機構11個，分別為綜合科、綜合選案科、檢查壹科、檢查二科、檢查三科、檢查四科、檢查五科、檢查六科、案件審理科、案件執行科、舉報中心。
2.直屬稅務分局
負責對列入市級預算的市屬大中型企業的監控、管理和有效服務，具體負責所轄納稅戶稅務登記及納稅申報的調查、核實、進行稅源預測和分析、重點稅源管理跟蹤監控、稅收宣傳、納稅輔導、稅收調研、納稅服務、日常檢查、戶籍管理、政策送達、稅源調查、定額核定、催報催繳、數據采集分析、組織納稅評估、處理壹般性違規違章行為等。
直屬稅務分局內設科室為：辦公室、綜合業務科、計劃統計科、稅源管理壹科、稅源管理二科、信息中心。