1、稅務問題：企業未按規定代扣代繳療養費的稅款，會觸犯稅法，被稅務部門進行處罰。
2、法律責任：根據稅收征管法的規定，如果納稅人未按照規定期限辦理納稅申報和報送納稅資料的，稅務機關會責令限期改正，並處以罰款。
3、稅務遵從度：如果企業未按規定扣繳稅款，會影響企業的稅務遵從度，從而影響企業的社會信譽和商業關系。