1、對於多繳的稅款需要退還，納稅人、扣繳義務人向稅務機關提出申請，填制退稅申請審批確認書，經有權稅務機關批準；
2、對實行先征稅後退還的減免稅企業和特殊原因臨時減免的，納稅人審批後的政策性減免稅申請等審批表，制作收入退還書辦理手續；
3、稅務機關自收現金，多收稅款退還納稅人的，在限額內三十元以下稅務機關填制小額退稅憑證，經稅務機關批準，從自收現金的稅款、基金、規費及滯納金、罰款等各項收入中退還。
二、分析
留抵稅額退稅就是對現在還不能抵扣、留著將來才能抵扣的進項增值稅，予以提前全額退還。納稅人在計算應納稅額時，如果出現當期銷項稅額小於當期進項稅額，不足抵扣的部分，可以結轉下期繼續抵扣。當期應納稅額=當期銷項稅額-當期進項稅額進項稅指的是納稅人在購進貨物、無形資產或者不動產等時候支付的增值稅額。
三、申請退抵稅方式有哪些？
退稅、抵繳欠稅、抵繳下期。
1、退抵稅類型為：減免退稅、匯算結算清繳退稅、誤收退稅、先征後退、其它退款；
2、減免原因在退稅類型為減免退稅時，需填寫相應的減免稅原因；
3、申請退抵稅方式為：退稅、抵繳欠稅、抵繳下期。