市局設2個事業單位，分別是：信息中心、機關服務中心，級別均為正科級。
1.信息中心
落實稅收管理信息化建設規劃和實施方案，執行信息系統管理制度和技術標準；承擔本系統信息化建設的技術支持、保障工作；承擔稅收管理信息系統的運行維護工作；組織本系統信息安全管理與實施。
2.機關服務中心
承擔機關後勤事務的管理、保障和服務工作，擬訂機關事務具體工作制度並組織實施；承擔機關辦公用品的采購、保管、分配、維修；參與機關後勤體制改革工作；指導本系統後勤服務工作。
下轄縣區局
六安市金安區國家稅務局，六安市裕安區國家稅務局，安徽省壽縣國家稅務局，安徽省霍邱縣國家稅務局，安徽省舒城縣國家稅務局，安徽省金寨縣國家稅務局，安徽省霍山縣國家稅務局，葉集改革發展試驗區國家稅務局，六安經濟開發區國家稅務局。