1.稅收政策限制:按照當地稅務機關的規定，增值稅發票的金額可能只能按照房屋實際增值部分開具，不能按照合同總金額開具。
2.合同價格與實際交易價格不同:在某些情況下，買賣雙方可能會在合同中約定壹個較低的價格，以減少交易過程中的稅收負擔。在這種情況下，增值稅發票的金額將基於實際交易價格，而不是合同總金額。
請註意，以上只是可能導致增值稅發票金額與合同金額差異的部分原因，具體情況可能因地區和個別交易的差異而有所不同。因此，建議您在遇到這個問題時，可以咨詢專業的稅務顧問，或者直接向當地稅務機關尋求幫助。