顧名思義，管理建議書所描述的重大控制缺陷可能導致會計報表的錯報或漏報，從而影響審計意見的準確性。因此，註冊會計師在出具管理建議書時，應充分考慮對審計意見的影響。
壹方面，可能存在審計意見不準確的風險，如管理建議書提及的重大缺陷是否已導致會計報表出現未經調整的重大差錯，但審計報告未予以披露；另壹方面，可能存在審計程序實施不充分導致審計證據不足的風險，如管理建議書提到的可能被利用的重大控制缺陷，但未履行充分、完整的審計程序，僅使用較小且具有代表性的樣本量，或使用其他測試替代應進行的實質性測試。