首先，稅收征收水平不同，國家稅務總局征收的稅收直接上繳國庫，由財政部統籌使用。地稅局征收的稅款直接繳入地方國庫，由地方政府使用。就連中央和地方享受的稅收也是國稅局代收，上繳國庫再返還。
其次，管理水平不同。國稅指各級國家稅務局，受中華人民共和國國家稅務總局垂直領導，地稅指省級地方稅務局，受中華人民共和國省級人民政府和國家稅務總局雙重領導，省級以下地方稅務局受省級地方稅務機關垂直領導。
最後，征收的稅種不同。國稅征收的項目有增值稅、消費稅、增值稅、海關征收的消費稅、對臺直接貿易調節稅、企業所得稅(中央企業所得稅、鐵路部門所得稅、銀行總行所得稅、保險公司所得稅、外資銀行、地方銀行、非銀行金融企業所得稅)、證券交易稅。