國家稅務局系統受中華人民共和國國家稅務總局垂直領導；省級地方稅務局受省人民政府和中華人民共和國國家稅務局雙重領導，省級以下地方稅務局受省級地方稅務機關垂直領導。所以國稅局系統和地稅局系統分屬國家不同的職能部門，壹般是分開工作的。但是有些地方的國稅局系統和地稅局系統是合署辦公的。