《高新技術企業認定管理辦法》(郭克楊法[2008]172號)第十五條規定，認定的高新技術企業有下列情形之壹的，取消認定資格:因環境等違法行為受到有關部門處罰的。因此，高新技術企業如有環境等違法行為，應取消其享受稅收優惠的資格。
軟件和集成電路企業
《中華人民共和國財政部國家稅務總局關於進壹步鼓勵軟件產業和集成電路產業發展企業所得稅政策的通知》(財稅[2012]27號)第十九條規定，對享受上述稅收優惠的企業，取消其享受稅收優惠的資格，補繳已減免的企業所得稅，並因環境等違法行為受到有關部門處罰。因此，軟件和集成電路企業如有環境等違法行為，應取消其享受稅收優惠的資格。
資源綜合利用企業
《財政部國家稅務總局關於資源綜合利用增值稅優惠政策納稅人執行汙染物排放標準有關問題的通知》(財稅[2013]23號)第三條規定，未達到相應汙染物排放標準的納稅人，自違規排放之日起，取消其享受資源綜合利用產品和服務增值稅退(免)稅政策的資格，三年內不得再次申請。納稅人自違法排放之日起已申請退稅或免稅的，應予追繳。
因此，上述企業在享受稅收優惠時必須考慮環保因素，稅務機關也應對此予以重視。企業因環境違法行為繳納的罰款不得在稅前扣除。稅務機關在審核中發現企業存在環境問題時，應及時要求有關部門取消其資格，並補足已減免的稅款。