壹種意見認為不能扣除。《國家稅務總局關於加強企業所得稅管理的意見》（國稅發〔2008〕88號）第二條第三款第3項規定：
不符合規定的發票不得作為稅前扣除憑據。既然是虛開的專用發票，自然不能稅前扣除。
另壹種意見認為可以扣除。根據《企業所得稅法》及其實施條例規定：
企業實際發生的與取得收入有關的、合理的支出，準予在計算應納稅所得額時扣除。只要是企業實際發生、與取得收入有關、真實合理的成本費用，即使是善意取得的虛開專用發票也可稅前扣除。
相關法規
下面我們從稅法的有關規定出發，分析和判斷善意取得虛開的增值稅專用發票能否在企業所得稅前扣除。《企業所得稅法》及其實施條例規定：
企業實際發生的與取得收入有關的、合理的支出，包括成本、費用、稅金、損失和其他支出，準予在計算應納稅所得額時扣除。
有關的支出，指與取得收入直接相關的支出；
合理的支出，指符合生產經營活動常規，應當計入當期損益或者有關資產成本的必要和正常的支出。
據此，企業實際發生的成本，與取得收入有關的、合理的，可以在稅前扣除。