個人獨資企業未進行納稅申報的處罰標準，由稅務機關責令限期改正，可以處二千元以下的罰款；情節嚴重的，處以二千元以上壹萬元以下罰款。
中華人民共和國稅收征收管理法
第六十條納稅人有下列行為之壹的，由稅務機關責令限期改正，可以處二千元以下的罰款；情節嚴重的，處以二千元以上壹萬元以下罰款:
(壹)未在規定期限內辦理稅務登記、變更登記或者註銷登記的；
(二)未按照規定設置、保存會計賬簿或者保存會計憑證及有關資料的；
(三)未將財務會計制度或者財務會計處理方法、會計軟件報送稅務機關備查的；
(四)未按照規定向稅務機關申報全部銀行賬號的；