2000年，南京經濟學院、江蘇財經學院、江蘇經濟管理學院合並，組建新的南京經濟學院。2003年，經教育部批準，學校正式更名為南京財經大學。2011江蘇省人民政府與國家糧食局簽約成立南京財經大學。2019國家糧食和物資儲備局與江蘇省人民政府簽署戰略合作協議，全力支持學校發展。2021學校被批準為需要加強的博士學位授予單位，被批準為江蘇省高水平大學建設高峰計劃B類建設大學。
南京財經大學已成為江蘇省以經濟管理為主，以經濟、管理、法律、工程、科學、文學藝術為支撐和協調的高水平大學，經過多年的改革發展，學校知名度迅速擴大，教育質量不斷提高，綜合實力明顯增強，社會聲譽全面提升，各項事業邁上新臺階，呈現出強勁的發展勢頭和嶄新的改革氣象。