南京市國家稅務局成立於1994年10月，下轄16個區縣局、1個直屬分局（大企業管理局）、1個稽查局，1個車購辦，現有幹部職工2161人，稽管納稅人19.9戶，其中增值稅納稅人17.3萬戶（壹般納稅人4.1萬戶），企業所得稅納稅人9.1萬戶。主要負責增值稅、消費稅、企業所得稅、儲蓄存款利息個人所得稅、車輛購置稅、金融保險營業稅等稅種以及進出口稅收的征管工作。