南京市秦淮區國家稅務局前身為南京市國稅局秦淮分局，1994年11月國地稅機構分設時成立，2005年9月機構調整時改為現稱。區局下設辦公室、人事科、法規科、收入核算科、納服科、稅源管理壹科、稅源管理二科、稅源管理三科、稅源管理四科、稅源管理五科***10個部門。區局現有85名正式在編人員，平均年齡43歲。擔負著秦淮地區8200多家企業和6700多家個體工商戶的稅收征管任務。近年來先後獲得“江蘇省文明單位”、“江蘇省國稅系統文明單位”全國稅務系統先進單位等榮譽稱號，多次被省局、市局和區委區政府評為文明單位；湧現了獲得“五壹勞動獎章”、江蘇省國稅標兵、南京市國稅系統十佳公務員等先進幹部。