根據《南京市國家稅務局關於南京市秦淮區國家稅務局機構改革方案的批復》（寧國稅函〔2010〕20號），區局內設機構設置如下：
區局內設機構按照相應的工作職責設置。其中職能科室五個，稅源管理科五個，級別為正科級。