(1)信息中心
落實稅收管理信息化建設規劃和實施方案，落實信息系統管理制度和技術標準；承擔本系統信息化建設的技術支持和保障；承擔稅收管理信息系統的運行和維護；組織本系統的信息安全管理和實施。
(2)代理服務中心
承擔代理後勤事務的管理、保障和服務，制定代理事務的具體工作制度並組織實施；負責辦公用品的采購、儲存、分發和維護；參與機構後勤系統的改革；指導本系統的物流服務。？
(3)福建省國家稅務局南平培訓中心
承擔系統幹部職工更新知識培訓、崗位技能培訓、專項業務培訓、崗位培訓等培訓任務。