1.地理位置:南通位於江蘇省北部，遠離中國經濟中心城市上海，使得南通海洋中心的物流成本和時間成本相對較高，難以與上海等城市直接競爭。
2.競爭對手眾多:我國海洋經濟已經進入快速發展階段，南通海洋中心面臨著來自國內外眾多競爭對手的挑戰，如青島、大連、深圳等城市都在積極發展海洋經濟，這使得南通海洋中心在市場競爭中面臨壹定的壓力。
3.知名度和品牌影響力不足:與其他海洋中心相比，南通海洋中心的知名度和品牌影響力較弱，這使得南通在吸引海洋產業投資和人才方面相對較差。南通需要通過不斷的推廣和宣傳，提高知名度和品牌影響力，吸引更多的海洋產業資源和人才。