根據上述職責，區教育局設4個職能科室：
（壹）綜合科
綜合協調局機關行政事務；負責重要會務及重要事項的督查工作；負責文秘、宣傳、信息、信訪、接待、檔案、保密、安全保衛和綜合治理工作；負責教育系統外事活動；提出教育體制改革和教育發展規模、結構、速度及發展重點的建議並組織實施；負責人大代表建議（議案）、政協提案辦理；負責教育系統目標管理考核工作；制定教育系統年度計劃與工作總結；聯系教育系統有關社團；做好局機關的後勤服務工作；負責局機關固定資產管理工作。
（二）人事科
（三）教育業務科（掛職業教育與成人教育科、行政審批科牌子）
（四）計劃財務科（掛會計核算分中心牌子）
調查了解教育事業情況和有關經濟信息，參與擬訂教育經費籌措、教育撥款、教育基建投資、教育收費政策措施；編制年度預、決算；指導和監督管理各級各類學校的財務工作；管理和指導校園規劃和校舍建設等工作；督促檢查全區各級各類學校危房改造工作；負責全區教育事業統計工作；指導學校的後勤改革；負責教育協作、對口支援和扶貧工作；負責全區教育系統會計機構、人員的管理及業務指導、培訓工作；負責學生資助管理工作；負責教育系統財務、財產管理工作。