稽查局應當組織實施稅務檢查法律法規、部門規章和規範性文件，並制定具體實施辦法；組織協調稅收違法案件的調查、審理和執行；受理稅收違法案件的舉報；協調公安、檢察、審判機關辦理稅務檢查；承擔金稅工程發票調查工作；牽頭組織稅收專項檢查。稽查局設7個內設機構，級別為副廳級，分別為:綜合科、綜合選案科、稽查壹科、稽查二科、案件審理科、案件執行科、舉報中心。