農產品核定扣除是指納稅人按照稅務機關確定的方法和核定的扣除標準計算當期允許扣除的農產品增值稅進項稅額，而不是憑增值稅抵扣憑證扣除增值稅進項稅額。農產品核定扣除的適用範圍目前納入試點範圍的農產品包括液體乳及乳制品、酒及酒精、植物油。其納稅環節，包括采購農產品進行生產銷售、委托加工等，均適用農產品增值稅進項稅額核定扣除方法。
農產品核定抵扣是國家為加強農產品增值稅進項稅額抵扣管理，彌補農產品進項稅額抵扣存在的缺陷而出臺的相關政策。