青苗補償費並不屬於需要開具發票的經營活動，合法憑證的界定也不是稅務機關的職責，屬於財政部門管轄的範圍。
支付給農戶的青苗補償費的企業，可以結合補償協議、相關政府部門文件等證明材料，以收款人的收款收據確認入賬，主管稅務部門將確認其為合法有效的憑證。當然，如果由政府或者村委會代為發放青苗補償金的話，也可以向代發單位索要由財政部門監制的行政事業單位收據。