普渡寺1984年即被確定為北京市重點文物保護單位。由於歷史原因，建國以後，普渡寺地區自然形成壹個高密度居民區，普渡寺大殿變成了學校的教室和倉庫，普渡寺破損嚴重，四周的配殿更是不復存在。普渡寺的修繕引起了許多部門和人士的關註，被列入北京市3年“3.3億元文物搶險修繕工程”項目，東城區財政投資4000多萬元，搬遷了普渡寺臺上的186戶居民，撤並了占用普渡寺大殿的南池子小學，拆除普渡寺周邊破舊民房和違法建築近5000平方米，徹底騰退文物，進行修繕。
騰退後，普渡寺的修繕完全按照古建傳統工藝及文物整舊如舊的原則進行修繕。殿內的彩畫穹頂看起來半新半舊，這是因為在維修時要首先使用舊建築構件，只有當舊件缺損、數量不夠時才用仿制的新件代替。
2007年05月16日，全國首家省級稅務博物館——北京稅務博物館正式宣布對外開館，今後將向全社會免費開放。稅務博物館設在曾為清代親王多爾袞宅邸的普渡寺內，館內設有明、清稅收票據展和印花稅票展兩個專題陳列。展陳從表現稅收歷史完整性的角度出發，包括了奏折、稅則等文物，體現皇城稅收文化的特點。
展館內還采用了高科技手段，再現了昔日崇文門稅關在商業街征稅的虛擬場景。此外，展廳還以上世紀50年代的“馬甸稅務所”與本世紀的稅務所的場景對比，展示了新中國成立以來北京稅務的成長歷程。