(1)發票使用主體不同:增值稅專用發票只能由增值稅壹般納稅人購買和使用；小規模納稅人需經稅務機關批準後方可使用；普通發票可供從事經營活動並辦理稅務登記的各類納稅人購用；未辦理稅務登記的納稅人也可以向稅務機關申請領購和使用普通發票。
(2)發票內容不同:增值稅專用發票包括納稅人的稅務登記號、不含增值稅的金額、適用稅率、應納增值稅等。，除采購單位、銷售單位、商品或服務的名稱、商品或服務的數量和計量單位、單價和合價、開票單位、收款人和開票日期等普通發票的內容外；普通發票中沒有關於增值稅的內容。
(3)發票基本聯共有四聯:第壹聯為存根聯(備查)，第二聯為發票聯(買方記賬用)，第三聯為抵扣聯(買方扣稅憑證用)，第四聯為記賬聯(賣方記賬用)；普通發票只有壹式三聯，第壹聯存根，第二聯發票，第三聯記賬。
(4)發票的作用不同:增值稅專用發票既是買賣雙方收付的憑證，也是買方抵扣增值稅的憑證。