稅務局僅僅是懷疑納稅人虛開發票的不可以立案。選案部門對案源信息采取計算機分析、人工分析、人機結合分析等方法進行篩選，發現有稅收違法嫌疑的，應當確定為待查對象。待查對象確定後，選案部門填制《稅務稽查立案審批表》，附有關資料，經稽查局局長批準後立案檢查。
《稅務稽查工作規程》第十九條 選案部門對案源信息采取計算機分析、人工分析、人機結合分析等方法進行篩選，發現有稅收違法嫌疑的，應當確定為待查對象。