企業必須對研究開發費用實行專賬管理，同時根據本辦法附表規定的項目，準確歸集和填報當年可扣除的研究開發費用實際發生額。企業在進行年度所得稅申報時，應向主管稅務機關報送本辦法規定的相應資料。申報的研發費用不真實或資料不完整的，不得扣除研發費用，主管稅務機關有權對企業申報的結果進行合理調整。企業在壹個納稅年度內進行多次研究開發活動的，應當按照不同的開發項目分別歸集可扣除的研究開發費用金額。
另外，自2016 65438+10月1起，企業應當按照國家財務會計制度的要求進行R&D支出的會計處理；同時，對可按R&D項目抵扣的R&D費用設置輔助賬戶，準確歸集和核算當年可抵扣的R&D費用實際發生額。企業在壹個納稅年度內進行多次R&D活動的，應當按照不同的R&D項目分別歸集可以扣除的R&D費用。企業應當分別核算R&D費用和生產經營費用，準確合理地歸集各項費用。劃分不清的，不允許追加扣除。