壹般在匯算清繳年度報表交到稅務機關後，稅務機關會先就報基本調整項目進行初步檢查與分析，如果基本的調整項（如業務招待費）沒有，則可能當場返給企業補充；如果發現在必要對某企業匯算清繳進行納稅輔導，可能得到企業來輔導後才能確定匯算清繳應納稅額，再由企業進行年度申報。
5月31日是匯算清繳最後時限，會在此之前處理完匯算清繳的。之後，如果發現企業確有問題，也可能會進行納稅輔導或稅務稽查。
壹般情況下會對虧損數進行核查的。
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