根據《國家稅務總局關於跨地區經營建築企業所得稅征收管理問題的通知》（國稅函2010156號）規定：建築企業總機構直接管理的跨地區設立的項目部，應按項目實際經營收入的0.2%按月或按季由總機構向項目所在地預分企業所得稅，並由項目部向所在地主管稅務機關預繳。同時，總機構只設跨地區項目部的，扣除已由項目部預繳的企業所得稅後，按照其余額就地繳納。
因此，施工企業跨地區外出經營項目，應按項目實際經營收入的0.2%按月或按季由總機構向項目所在地預分企業所得稅，然後扣除已由項目部預繳的企業所得稅後，按照其余額就地繳納。所以施工企業在年度匯算清繳時異地預繳的0.2%企業所得稅可以抵減應納所得稅額。如果總機構年終匯算清繳後應納所得稅額小於已預繳的稅款時，由總機構主管稅務機關辦理退稅或抵扣以後年度的應繳企業所得稅。