企業註銷進項稅的，可以這樣做賬務處理：企業可以通過做增值稅轉出進項稅的方式，讓企業放棄這部分稅款，這樣增值稅會折抵進項稅。或者企業可以做壹筆無票收入讓增值稅等於或略大於留抵的進項稅，平進平出不交增值稅或者交少量增值稅，這樣也能將折抵進項稅。
《財政部、國家稅務總局關於增值稅若幹政策的通知》第六條 壹般納稅人註銷時存貨及留抵稅額處理問題。壹般納稅人註銷或被取消輔導期壹般納稅人資格，轉為小規模納稅人時，其存貨不作進項稅額轉出處理，其留抵稅額也不予以退稅。