1，契稅完稅證明丟失的處理方式如下:
(1)當事人可持本人有效證件到稅務機關說明掛失情況；
(2)當事人不能提供的，應提供與完稅證明相關的資料，如房產的信息、大致辦理日期等。稅務機關確認後可以開具證明。
2.法律依據:《中華人民共和國契稅法》第十條。
納稅人應當在依法辦理土地、房屋權屬登記手續前申報繳納契稅。
第十壹條
納稅人辦理納稅後，稅務機關應開具契稅完稅憑證。納稅人辦理土地、房屋權屬登記，不動產登記機構應當查驗契稅繳納、減免稅證明或者相關資料。未按規定繳納契稅的，不動產登記機構不予辦理土地和房屋權屬登記。
二、繳納契稅的流程是怎樣的？
1，為房產信息搜索證；
2.準備申報稅務信息。需要準備購房合同、身份證和戶口本的原件及復印件、查檔證明；
3.提交稅務信息。材料準備好後，可以向地稅局征收科申請納稅申報，填寫誠信承諾書；
4.確認稅務信息。稅務機關受理後，錄入相關信息，打印壹份《房地產交易納稅申報審核表》，裏面有納稅的基本信息。仔細審核確認後，簽字；
5.交契稅。憑蓋章的《房地產交易納稅申報審核表》到征收櫃臺繳納契稅。