中華人民共和國深圳海事局是監督管理深圳水上交通安全的主管機關。根據《中華人民共和國海上交通安全法》、《中華人民共和國海洋環境保護法》、《中華人民共和國內河交通安全管理條例》賦予的職權，負責轄區內的水上交通安全和防止船舶汙染工作。同時承擔深圳海上救助分中心的日常事務，對交通運輸采取交通運輸部和深圳市政府(受廣東省政府委托)雙重領導。
1996，深圳作為國家港口管理體制改革試點，將深圳下屬的深圳海事局與交通部下屬的蛇口海事局合並，組建交通部深圳海事局。1999，根據國家水監體制改革的統壹部署，深圳水上安全監督局更名為“中華人民共和國深圳海事局”。
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