向當地衛生部門報告。根據醫療行業相關法律規定，醫生在發現患有某種傳染病的患者時，必須向當地衛生部門報告，以確保公眾健康和安全。支原體感染是壹種常見的性傳播疾病。如果在私立醫院治療期間發現支原體陽性，醫生有義務及時向相關部門報告。這是因為支原體感染可能引起疾病傳播，對公眾健康和安全構成威脅。同時，醫生也有義務保護患者的隱私和個人信息安全，不得向第三方透露患者的病情信息。因此，在治療支原體感染的過程中，醫生需要遵守相關法律法規和醫德要求，如保護患者隱私、積極治療等。
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