1.獨家供應商問題:供應鏈中存在獨家物流供應商。由於供應商的服務區域和管理能力有限，獨家物流供應商政策可能會給某些地區的服務帶來風險。
2.委托代理機制固有的信息風險:選擇合適的第三方物流提供商作為供應鏈物流服務的合作夥伴是加強企業供應鏈物流管理的最重要基礎。如果由於信息不對稱和信息不完全，企業合作夥伴選擇不當，不僅會降低企業的利潤，還會使企業失去其他機會，從而在無形中抑制了企業競爭力的提高，增加了整個供應鏈的運營成本。
3.企業文化:不同的企業壹般都有自己的企業文化，這可能會導致對同壹問題的不同看法，從而導致差異並影響物流供應鏈的穩定性。
4.IT技術缺陷會制約供應鏈的物流功能，如網絡傳輸速度、服務器的穩定性和運行速度、軟件設計缺陷、病毒等。