法律分析:行政機關申請撤銷法院判決，可以作出新的處罰決定。行政處罰程序是國家行政機關對違反行政法規範，尚不夠刑事處罰的相對人進行處罰的方式和步驟。法律明確規定，人民法院以違反法定程序為由決定撤銷具體行政行為的，行政機關不受行政訴訟法第五十五條規定的限制。“因此，行政機關可以作出新的處罰決定。即使法院以事實不清、證據不足、適用法律錯誤為由作出撤銷判決，行政機關根據新核實的事實或者正確適用法律作出新的決定，仍然是法律允許的。
法律依據:《中華人民共和國行政訴訟法》第二條。公民、法人或者其他組織認為行政機關及其工作人員的行政行為侵犯其合法權益的，有權依照本法向人民法院提起訴訟。前款所稱行政行為包括法律、法規和規章授權的組織作出的行政行為。
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