不同沼氣工程的沼液濃度不同，沼液成分不明確。因此，沼液還田存在很大的問題和風險。對經常施用沼液的土壤中銅和鋅的含量進行了測定，發現土壤中銅和鋅的含量明顯增加。雖然重金屬沒有超標，但說明長期施用沼肥後，農田生態系統仍存在汙染風險。
養殖場廢水沼液還田執行標準:GB18596-2001畜禽養殖業汙染物排放標準。