由於發菜生長在貧困地區，人們經常挖發菜賣錢維持生計。然而，由於多年來對發菜的過度開發，其野生資源遭到嚴重破壞，導致大面積草地退化，土地沙化。
2000年，國務院發布《國務院關於禁止采集銷售發菜制止擅自采挖甘草和麻黃的通知》，將《中國國家重點保護野生植物名錄》中發菜的保護等級由二級調整為壹級，要求嚴禁采集、收購、加工、銷售和出口發菜。